1875-ci il dekabrın 7-də Şəki şəhərində anadan olan Fətəlinin atası rus ordusunun general-leytenantı idi. Onların əsli Cənubi Azərbaycanın Xoy şəhərindəndir. Xoy xanı olan ulu babası Cəfərqulu İran şahı Fətəli ilə müharibədə məğlub olduğundan 20000 nəfərlik qoşunu ilə Üç kilsəyə – Eçmiədzinə sığınmışdı. 1803-1806-cı illər Rus-İran müharibələri dövründə rus qoşunlarına qoşulan Cəfərqulu Xan İmperator I Aleksandr tərəfindən təltif edilmişdi. O, 22 dekabr 1806-cı il tarixdə Şəki xanı təyin olunmuş və general-leytenant rütbəsinə layiq görülmüşdür. Cəfərqulu xan 3 sentyabr 1814-cü il tarixdə vəfat etdikdən sonra Şəki Xanlığını onun oğlu İsmayıl idarə edir. 1819-cu ildə İsmayılın vəfatından sonra Şəki Xanlığı ləğv edilir və Rusiyanın tərkibinə qatılır.

Bu nəsildən görkəmli sərkərdələr, dövlət xadimləri və ziyalılar çıxmışdır. Bunlardan biri də Fətəli Xan Xoyskidir. O, Gəncə Klassik Gimnaziyasını, 1901-ci ildə isə Moskva Universitetinin hüquq fakültəsini bitirmişdir. Fətəli Xan əvvəlcə Gəncədə, sonra Suxumi, Batumi və Kutaisi dairə məhkəmələrində müxtəlif vəzifələrdə işləmişdir. Yekaterinador dairə məhkəməsində prokuror müavini təyin edilməsi Xoyskinin ictimai-siyasi fəaliyyətində yeni mərhələ olmuşdur. O, Yelizavetpol (Gəncə) quberniyasından II Dövlət dumasına deputat seçilmişdir. Fevralın 2-də Peterburqun məşhur Tavriya sarayında toplanan Rusiya parlamentinin iclaslarında çıxış edən Fətəli Xan çar hökumətinin Zaqafqaziyada və Azərbaycanda yeritdiyi müstəmləkəçilik siyasətini tənqid atəşinə tuturdu. O, kadet partiyasına üzv olmasına baxmayaraq, dumanın müsəlman deputat fraksiyasına daxil idi. F. Xoyski Rusiyanın müstəmləkəsindəki xalqlara məhəlli muxtariyyət verilməsini hökumətdən tələb edirdi. O, sonralar müxtəlif illərdə Bakı və Gəncə dairə məhkəmələrində iş kəsmək üzrə andçı – müvəkkil vəzifəsini icra etmişdir.

1917-ci ildə Rusiyada Fevral burjua inqilabı baş verdi. Fətəli Xan Xoyski martın 27-də Bakıda yaranmış Milli Müsəlman Şurasının Müvəqqəti İcraiyyə Komitəsinin üzvü seçilmişdir. O, həmin ilin aprelində Bakıda çağırılan Qafqaz müsəlmanlarının qurultayında iştirak etmişdir.

F. Xoyski burjua inqilabından sonra heç bir partiyaya mənsub olmasa da, 1917-ci il oktyabrın 26-dan 31-dək Bakıda keçirilən Türk Ədəmi – mərkəziyyət partiyası Müsavatın birinci qurultayında çıxış və iştirak edərək həmin qurultayda irəli sürülən “Azərbaycana muxtariyyət” şüarını müdafiə etmişdir. O, 1917-ci ilin dekabrında yaranan Zaqafqaziya seyminin üzvü və müstəqil Zaqafqaziya Federativ Respublikası hökumətinin ədliyyə naziri olmuşdur.
1918-ci il mayın 28-də Azərbaycan Demokratik Respublikası elan olundu. Təkcə türkdilli xalqlar arasında deyil, bütün islam aləmində ilk dəfə olaraq respublika üsul-idarəsinə qədəm qoyan Azərbaycan xalqının ilk müstəqil hökumətini təşkil etmək- bitərəf Fətəli Xan Xoyskiyə tapşırıldı. O, hökumətdə həm nazirlər şurasının sədri, həm də daxili işlər naziri vəzifəsini tuturdu. 1918-ci il iyunun 17-də Azərbaycan Milli Şurasının göstərişinə əsasən Fətəli xan Xoyskinin başçılığı ilə ikinci hökumət kabinəsi təşkil olundu.

1918-ci il sentyabrın 15-də Bakının oyuncaq Sentrokaspi qüvvələrindən təmizlənməsi münasibətilə Fətəli xan Xoyski çıxış edərək demişdir: “Bizim də azad yaşamağa hüququmuz var. Heç bir zirehli maşın, hidroplan, aeroplan, kanonerka, məftilli çəpər, mina və sairə texniki qurğu, heç bir qüvvə və onların havadarları tarixin təbii axarına mane ola bilmədilər. Bakının 50 minlik qoşun və texnika ilə birlikdə kiçik bir qüvvənin həmləsi qarşısında süqutu başqasının fəlakəti üzərində öz xoşbəxtliyini qurmaq istəyənlərə ibrət dərsi olmalıdır.” (Azərbaycan qəzeti, 19. IX. 1918. № 2)
Professor V. İ. Razumoskinin 1922-ci ildə çap etdirdiyi “Bakı şəhərində universitetin əsasının qoyulması” adlı məqaləsində məlum olur ki, Azərbaycan Dövlət Universitetinin yaranması təşəbbüsü Fətəli Xan Xoyskiyə məxsusdur.

F. Xoyski 1918-ci il dekabrın 26-da təşkil etdiyi III hökumət kabinəsində də Nazirlər Şurasının sədri və Xarici İşlər naziri vəzifəsini tuturdu. Məhz onun dövründə Azərbaycan dövlət orqanlarının özülü qoyulmuşdu. Müstəmləkə siyasətinin rəmzi olan Yelizavetpol şəhəri və quberniyasının yenidən Gəncə və Gəncə quberniyası adlandırılması, Qaryagin qəzasının Cəbrail qəzası adı ilə əvəz edilməsi, çoxpartiyalı parlament sisteminin yaradılması, Azərbaycan Respublikasının pul və poçt markalarının buraxılması, ana dilində məktəb və seminariyaların açılması və digər mütərəqqi tədbirlər Xoyskinin rəhbərlik etdiyi hökumət kabinələri dövründə həyata keçirilməyə başlanmışdı.

1919-cu ilin mart ayında Fətəli Xan Xoyskinin başçılıq etdiyi hökumət istefaya çıxdı. Fətəli Xan Xoyski Nazirlər Şurasının sədri Nəsib bəy Yusifbəylinin təşkil etdiyi ikinci hökumət kabinəsində Xarici İşlər naziri vəzifəsini icra etmişdir. Azərbaycan Demokratik Respublikasının beynəlxalq aləmdə və xarici dövlətlər tərəfindən tanınmasında onun müəyyən xidmətləri olmuşdur.

1920-ci il yanvarın 2-də RSFSR-in Xarici İşlər üzrə Xalq Komissarı G. V. Çiçerin ağqvardiyaçı general Denikinə qarşı vahid cəbhə yaratmaq üçün Xoyskiyə nota ilə müraciət etdi. Ayın 19-da Xoyskinin verdiyi cavabda göstərilirdi ki, Azərbaycan Respublikası Sovet Rusiyasının daxili işlərinə qarışmır və bu məsələdə bitərəfdir. G.V. Çiçerin 23 yanvar tarixli ikinci notasında yenə həmin məsələyə qayıdaraq, Azərbaycanı RSFSR ilə əməkdaşlığa dəvət edir və yazırdı ki, biz həmişə bir səma altında, bir yerdə yaşamışıq və yenə də bir yerdə yaşamalıyıq. Xoyski fevralın 1-də Çiçerinə öz hökumətinin rəsmi fikrini bildirmiş və onun təklifini rədd etmişdir.

1920-ci il fevralın 20-də Çiçerinin üçüncü notası və martın 7-də Xoyskinin cavabı eyni məsələyə həsr olunmuşdur. Martın axırında Çiçerin sonuncu notasını göndərmiş, aprelin 27-də Xoyski Azərbaycan parlamentində cavab notasını oxuyarkən XI Qızıl Ordunun Bakıya yaxınlaşdığı xəbəri alınmışdır. Bu hadisələrdən sonra Fətəli Xan öz ailəsi ilə birlikdə Tiflisə getmişdir. 1920-ci ilin iyunun 19-da erməni milliyətçisi, qatil Aram Yerganian (Ermənistan Milli Qəhrəmanı) tərəfindən arxadan güllə ilə vurulmuş və M. F. Axundovun yanında dəfn edilmişdir.